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課程實施方式：
一、選定指導老師及論文題目：
碩士一般生及在職專班生須於碩一上學期末前，洽定指導老師，訂定研究主題，並繳交「研究生指導教授同意書」（格式依研究生事務處公告為主）。
二、論文計畫書口試及畢業論文口試方式及時間：
(一)論文計畫書口試期間應於每年8月1日至10月31日間舉行，逾期其畢業論文口試必須順延至少一學期。畢業論文口試依照本校「中國醫藥大學研究生學位考試實施細則」應於每年5月15日至7月15日間舉行（延畢或第一學期為每年11月15日至1月15日間舉行）。
(二)論文計劃書口試方式：
1.一般生：採「論壇課程」審核制。由本系排定口試時間，學生擇一場次報告。每場次至少須由三位本系專任老師考評（論文計畫書報告學生之指導教師須包含其中）。
2.在職專班：採「專屬委員」審查制。考試委員三至五人，其中校外委員須達三分之一（含）以上。論文計畫書及畢業論文口試委員會組成委員以相同為原則。
(三)論文計畫書口試考試結果：
1.分為通過、修正後通過及不通過。
2.若為修正後通過者，一切手續均須於口試結束後兩個月內完成。未完成者，視為不及格。
3.不通過者得申請複試，複試以一次為限；且委員審查費由學生自行負擔。
4.應於口試結束後兩週內繳交「考試審查意見表」至系辦備查。
5.考試結果須報系主任備查。
(四)論文計畫書口試複試與畢業論文口試須為不同學期。
(五)畢業論文口試須組成「碩士學位論文指導委員會」，考試委員三至五人，其中校外委員須達三分之一（含）以上，經系主任提報系務會議，呈報校長核定後聘任，並指定一人為召集人，但指導教授不得擔任召集人。
(六)學位考試委員費用支付方式：
1.一般生：畢業論文口試指導費每位學生5,000元整，審查費每位委員2,000元整；車馬費依學校規定支付。
2.在職專班：
(1)論文計畫書口試：僅支付外系及校外委員，每人次口試審查費1,000元整，不支付車馬費。
(2)畢業論文口試：畢業論文口試指導費每位學生5,000元整，審查費每位委員2,000元整；車馬費依學校規定支付。
(七)若與上述原則不符合者，另提本系系務會議討論。
三、論文計畫書及畢業論文口試版本核定：備妥口試委員數目之論文，論文內容包含「論文口試（含論文紙本）核可證明」、及「內文」，經系主任及系辦核章後，於口試10日前自行送交各口試委員。
四、碩士論文暨畢業資格申請：碩二下學期畢業學期考後（時程依學系公告為主），繳交研究所學位考試申請書、論文完稿初稿電子檔、研究生無違反學術倫理聲明書、論文原創性比對結果、指導教授推薦書、歷年成績單。
五、論文成果發表：論文須於畢業前參加相關學術研討會或投稿期刊，完成公開發表。
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