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各項申請：
一、「動物實驗申請表」：依農業部實驗動物照護及使用委員會設置及管理辦法第四條規定：利用動物進行科學實驗者，其需採用之實驗動物種類、品種、數量及實驗設計應先申請，經委員會審議核可，始得進行，請於計畫執行前在實驗動物計畫申請系統提出申請，經實驗動物照護及使用委員會審核通過後，才能訂購動物與進行動物實驗。
二、「動物中心門禁磁卡申請表」：參加「動物中心管理與使用訓練課程」訓練後計畫主持人可向本中心提出申請門禁磁卡，經審查通過後，可憑卡出入本中心。計畫主持人以申請一張磁卡為原則。
三、「動物使用填報及入室代養申請」：SPF區為動物入室前二週，CC區及一般區為動物入室前一週，請在動物入室及代養管理系統提出申請，經本中心核可後，才能申請入室代養。
四、「動物移出或犧牲申請」：因實驗需求需將動物移出動物中心或犧牲時使用。
五、「動物移出再入室申請」：因實驗需求需將動物移出後再送回動物中心時使用，經同意後只能將動物搬入2樓飼養室飼養。
六、「動物中心儀器設備出入申請表」：任何儀器設備，包括實驗裝置、手術器材、籠架、籠子等因實際需要，必須搬入或搬出本中心時，請事先向本中心提出申請，經同意後，遵照本中心之規定搬入或搬出儀器設備。
七、「動物標示卡」及「特殊飼養需求動物標示卡」：凡在本中心飼養、實驗之動物，皆須遵照本中心人員之指示放置在指定的動物飼養室及籠架位置上，並於籠子上掛上標示卡。
八、「動物中心實驗室及手術室使用申請」：欲使用實驗室者，請於貴重儀器使用預約管理系統申請，經同意後方得使用，使用時間為上午8點至晚上8點。中大型動物手術室使用時間為為上午8點至下午5點。
九、「動物分籠申請」：使用者若因實驗需要必須重新進行動物分籠，請於一週前向本中心提出。
十、「動物中心動物檢疫申請表」：動物如需進入3樓CC區或SPF區飼養，無法提出原飼養單位動物健康監測報告時，則需要進行檢疫，由研究人員自行送至國家實驗動物中心檢測，檢測費用由研究人員負擔。健康監測報告證明為SPF等級之大小鼠，方能進入3樓飼養。
十一、「研究人員自行繁殖特殊品系鼠申請表」：以SPF等級大鼠與小鼠兩種動物為原則，在國內無法購買到，且種源來自動物中心認為可靠之供應單位，及須檢附最近3個月內之動物健康監測證明。所有繁殖工作，如：配種、計畫生產、離奶、登錄繁殖記錄等，由研究人員自行負責。
十二、「開放夜間門禁使用申請」：每日晚上8點後因特殊需求須進入本中心進行實驗者，請於貴重儀器使用預約管理系統申請，經同意後方得進入。
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